参考答案：C

解析： 某个体零售部属于小规模纳税人，销售收入应按3%征收增值税，故其销项税额为：100000×3%=3000(元)。因此，A项所述正确，不符合题意，不选。某大型超市为一般纳税人，增值税征收税率为17%，但购进货物为粮食、暖气、天然气、化肥、图书、杂志等应按13%征收增值税，故其进项税额为：250000÷(1+13%)×13%≈28761.06(元)。因此，B项所述正确，不符合题意，不选。因管理不善造成商品的损失属于非正常损失，其进项税额不得从销项税额中抵扣。因此，C项所述错误，符合题意，应选。某个体户属于小规模纳税人，故其进项税额为：20000×3%=600(元)。因此，D项所述正确，不符合题意，不选。综上所述，本题答案为C。