A、酸雨的形成主要是化石燃料的大量使用造成的，焚烧秸秆一般不会造成酸雨，故A错误；

B、焚烧秸秆会造成大气污染，因为会生成一氧化碳等空气污染物，故B正确；

C、土壤污染主要来自于化肥、农药的过量使用等，焚烧秸秆不是造成土壤污染的主要污染源，故C错误；

D、水体污染主要来自于工业、生活用水的任意排放，农药化肥的不合理使用等，焚烧秸秆不是造成水体污染的主要污染源，故D错误．

故选B