A、酒精灯不用时，需用灯帽盖是因为酒精分子会不断运动到空气中，正确；

B、常温下铜为固态而水银为液态，是因为铜和水银的原子构成不同，性质就不同，此项错误；

C、将糖加入水中一段时间后，每一口水都有甜味--水分子间有一定间隔，是因为分子的不断运动和分子间有间隔，此项错误；

D、金刚石比石墨硬度大是因为碳原子的排列不同，它们的原子结构是相同的，此项错误．

故选A