参考答案：D

解析： 本题考查系统设计报告的内容。一般的大型企业级的信息系统设计报告应包括：
应用软件和数据库设计；系统运行环境和软件、硬件配置报告：系统的网络与通信的设计和实施方案。
数据流程图、数据存储及数据字典是系统分析报告的内容，网络协议标准和保密条例不是信息系统设计应该包括的内容。故本题选择D。