参考答案：C,D

解析： A项中，某房地产开发公司有偿取得土地使用权，向人民法院提出破产申请，该土地使用权应被列为房地产公司的破产财产。B项中，该国有土地可以作价入股，不能收回其土地使用权。因此，A、B两项不正确。根据《土地管理法》第五十八条的规定：“有下列情形之一的，由有关人民政府土地主管部门报经原批准用地的人民政府或者有批准权的人民政府批准，可以收回国有土地使用权：(一)为公共利益需要使用土地的；(二)为实施城市规划进行旧城区改建，需要调整使用土地的；(三)土地出让等有偿使用合同约定的使用期限届满，土地使用者未申请续期或者申请续期未获批准的；(四)因单位撤销、迁移等原因，停止使用原划拨的国有土地的；(五)公路、铁路、机场、矿场等经核准报废的。依照前款第(一)项、第(二)项的规定收回国有土地使用权的，对土地使用权人应当给予适当补偿。”D项中的某工厂的自用铁路已经核准报废，属于此条第(五)项。因此，D项正确。根据《土地管理法》第四十四条的规定：“建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。省、自治区、直辖市人民政府批准的道路、管线工程和大型基础设施建设项目、国务院批准的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由国务院批准。在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次由原批准土地利用总体规划的机关批准。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。本条第二款、第三款规定以外的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准。”根据此条，县政府无权批准将农用地转化为建设用地。同时，根据《土地管理法》第七十八条的规定：“无权批准征收、使用土地的单位或者个人非法批准占用土地的，超越批准权限非法批准占用土地的，不按照土地利用总体规划确定的用途批准用地的，或者违反法律规定的程序批准占用、征用土地的。其批准文件无效，对非法批准征用、使用土地的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。非法批准、使用的土地应当收回，有关当事人拒不归还的，以非法占用土地论处。非法批准征用、使用土地，对当事人造成损失的，依法应当承担赔偿责任。”因此，县政府非法批准、使用的土地应当收回，C项正确。故选CD。