A、氧气属于气态非金属单质，是由氧分子构成的，故选项错误．

B、氖属于稀有气体单质，是由氖原子直接构成的，故选项正确．

C、二氧化碳是由二氧化碳分子构成的，故选项错误．

D、水是由水分子构成的，故选项错误．

故选B．