A、1L的水与1L的酒精混合后总体积小于2L，是因为分子之间有间隔，一部分水分子和酒精分子会互相占据分子之间的间隔，而不是分子很大，故选项说法错误．

B、1L的水与1L的酒精混合后总体积小于2L，是因为分子之间有间隔，一部分水分子和酒精分子会互相占据分子之间的间隔，而不是分子变成了原子，故选项说法错误．

C、1L的水与1L的酒精混合后总体积小于2L，是因为分子之间有间隔，一部分水分子和酒精分子会互相占据分子之间的间隔，而不是分子在不断运动，故选项说法错误．

D、1L的水与1L的酒精混合后总体积小于2L，是因为分子之间有间隔，一部分水分子和酒精分子会互相占据分子之间的间隔，故选项说法正确．

故选：D．