参考答案：A

解析：参见《宪法》第31条：“国家在必要时得设产特别行政区。在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。”第62条：“全国人民代表大会行政下列职权： (一)修改宪法；(二)监督宪法的实施；(三)制定和修改刑事、民事、国家机构的和其他的基本法律；(四)选举中华人民共和国 * * 、副 * * ；(五)根据中华人民共和国 * * 的提名，决定国务院 * * 的人选；根据国务院 * * 的提名，决定国务院副 * * 、国务委员、各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长的人选；(六)选举中央军事委员会 * * ；根据中央军事委员会 * * 的提名，决定中央军事委员会其他组成人员的人选；(七)选举最高人民法院院长；(八)选举最高人民检察院检察长； (九)审查和批准国民经济和社会发展计划和计划执行情况的报告；(十)审查和批准国家的预算和预算执行情况的报告；(十一)改变或者撤销全国人民代表大会常务委员会不适当的决定；(十二)批准省、自治区和直辖市的建置；(十三)决定特别行政区的设立及其制度；(十四)决定战争和和平的问题；(十五)应当由最高国家权力机关行使的其他职权。”
依此，有权决定在我国境内设立特别行政区及其制度的机关是全国人民代表大会，故A项为正确答案。