A、绝大多数生物都要进行呼吸，如动物和植物都要进行呼吸，吸入氧气，呼出二氧化碳，不符合题意．

B、生态系统包括生物部分和非生物部分，生物部分由生产者、消费者和分解者组成，非生物部分包括阳光、空气、水、温度、土壤等，不符合题意．

C、生物生活在地球上的生物圈中，生物圈包括大气圈的底部、水圈的大部、岩石圈的表面，生物圈是人类和其他生物的家园，但并不是在地球上的每一个地方都能找到生物，如岩石圈的内部，地心处到处都是岩浆，高温、无氧，不适合生物的生存，因此无生物．不符合题意．

D、科学探究的方法有很多，其中观察、调查、收集和分析资料都是科学探究的方法，符合题意．

故选：D