参考答案：A

解析： 本题考查结构应用。句意为：所有的哺乳动物都有毛发，但并不明显。but引导的句子主语应指代前面所提的整件事，而不是前句主语all mammals，因此主语应用代词it，故排除C、D两项；如选B项，前后的意思就没有转折之意，故不能用but连接。所以，答案是A。