参考答案：

明清时期在中医学理论方面最突出的成就有命门学说和温病理论。其中赵献可、张介宾等人所倡立的命门学说，丰富了藏象学说内容。吴有性、叶桂、吴瑭等人为温病学理论的建立作出了突出的贡献。此外，王清任则发展了瘀血致病的理论。