参考答案：

（1）核酸打分矩阵：

等价矩阵、BLAST矩阵、转换-颠换矩阵

（2）蛋白质打分矩阵：

等价矩阵、氨基酸突变代价矩阵（遗传密码矩阵GCM）、疏水矩阵、PAM矩阵、BLOSUM矩阵。