参考答案：

一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM要好

当比较距离相近的蛋白时，应选择低的PAM或高的BLOSUM矩阵；当比较距离较远的蛋白时，应选择高的PAM或低的BLOSUM矩阵

对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵

PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源，BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域