问题
问答题 简答题
如何选择合适的评分矩阵?
答案
参考答案:
一般来说,在局部相似性搜索上,BLOSUM矩阵较PAM要好
当比较距离相近的蛋白时,应选择低的PAM或高的BLOSUM矩阵;当比较距离较远的蛋白时,应选择高的PAM或低的BLOSUM矩阵
对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵
PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源,BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域
如何选择合适的评分矩阵?
参考答案:
一般来说,在局部相似性搜索上,BLOSUM矩阵较PAM要好
当比较距离相近的蛋白时,应选择低的PAM或高的BLOSUM矩阵;当比较距离较远的蛋白时,应选择高的PAM或低的BLOSUM矩阵
对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵
PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源,BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域