参考答案：

碱基替换模型包括，No.ofdifferences、p-distance、Jukes-Cantordistance、Tajima-Neidistance、Kimur2-parameterdistance、Tamura3-parameterdistance、Tamura-Neidistance

p-distance：表示有差异的核苷酸位点在序列中所占比例，将有差异的核苷酸位点数除已经比对的总位点数就可以得到

Jukes-Cantor：模型假设ATCG的替换速率是一致的，然后给出两个序列核苷酸替换数的最大似然估计

Kimura2-parameter：模型考虑到了转换很颠换队多重击中的影响，但假设整个序列中4钟核苷酸的频率是相同哈德在不同位点上的碱基替换频率是相同的