参考答案：

（1）同源建模，对于一个未知结构的蛋白质，找到一个已知结构的同源蛋白质，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型，序列相似性低于30%的蛋白质难以得到理想的结构模型；

（2）在已知结模板的序列一致率小于25%时，使用折叠识别方法进行预测；

（3）在找不到已知结构的蛋白质模板时使用从头预测的方法。