参考答案：

1）同源建模法：依据蛋白质与已知结构蛋白比对信息构建3D模型；

2）折叠识别法：寻找与未知蛋白最合适的模板，进行序列与结构比对，最终建立结构模型；

3）从头预测法：根据序列本身从头预测蛋白质结构。