参考答案：

农业环境保护的基本制度： 

（1）农业土地利用规划制度。 

（2）农业环境影响评价制度。 

（3）“三同时”制度。 

（4）许可证制度。 

（5）征收排污费制度。 

（6）秸秆禁烧和综合利用的制度。 

（7）兽药管理的制度。 

（8）饲料和饲料添加剂管理的制度。 

（9）农药管理制度。