A、子弹以790m/s的速度击中目标，是击中目标时刻的速度，故是瞬时速度，故A错误；

B、汽车通过站牌时的速度对应通过站牌时刻，故是瞬时速度，故B错误；

C、信号沿动物神经传播的速度大约为100m/s是平均快慢，故是平均速度，故C正确；

D、在市区某段对汽车限速，不得超过60km/h，是任意时刻的速度都不能超过60km/h，故是瞬时速度，故D错误；

故选C．