参考答案：

（1）该公司行为违反了《公路法》第45条的规定。在事先未取得交通主管部门许可的情况下擅自施工，属于违法行为，依法应当受到查处。

（2）交通主管部门应当依法进行处理：第一，依据《公路法》第79条规定，责令停止违法行为，视情节轻重可以处三万元以下罚款。第二，该公司需要穿越公路埋设光缆，应该按照《公路法》第45条的要求，到交通主管部门申请办理许可手续。如果符合许可条件，依法准予许可。如不符合许可条件，交通主管部门不予许可并告知理由。