参考答案：

两者的主要区别体现在如下几方面：

（1）支付的时间长度不一样。中期支付证书是在工程进行过程中的证书，办理进度款的支付，所包含的时间长度一般只有一个月，最终支付证书是在缺陷责任期满后颁发的证书，处理业主和承包人之间的最后一次费用支付，它要概括所有中期支付证书所包含的时间长度，是对所在合同工程费用支付全过程的总结。

（2）要求的精度不同。

中期支付证书具有临时性，其精度要求相对要低一些，而最终支付证书必须保证准确无误。

（3）支付的内容有差别。中期支付证书中可以进行暂定支付，而最终支付则不能，它必须对所有各期中期支付证书进行清理，对这些暂定支付项目作全面清算，此外中期支付证书中有动员预付款、材料预付款、计日工和保留金等支付项目，而最终支付证书中却没有这些内容。（4）另外，在支付程序和所需资料方面，两者也存在较大区别。