A、看到太阳东升西落，是说太阳在运动，这是相对于地球来说的，所选的参照物是地球，故A错误；

B、两架飞机在空中加油，是相对静止状态，并不是停在空中，相对于地面来说是运动的，故B错误；

C、吹笛子时发出声音，是笛子里面空气柱的振动产生的，故C错误；

D、敲钟停止后，不再敲了，但是钟的振动不会立刻停下，所以还会发声，故“余音未止”，是因为钟还在振动，故D正确；

故选D．