参考答案：C

解析：（1）选项A：因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失，不能抵扣进项税额；因自然灾害损失的产成品所耗用的外购货物的进项税额可以抵扣；（2）选项B：仅用于非增值税应税项目的固定资产不可以抵扣进项税额，但同时用于增值税应税项目和非增值税应税项目的固定资产可以抵扣进项税额；（3）选项D：进口生产用原材料取得海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额准予从销项税额中抵扣。