参考答案：(1)该案中刘某更改交货地没有法律上的效力，游标卡尺不应发往乙学校，由此造成的一切损失由上海市某仪器厂向刘某本人追偿。
理由：甲学校和上海市某仪器厂设立的买卖合同采取了书面形式，当事人双方意思表示一致，合同已经成立。但后来受托人刘某又擅自要求更改交货地，这属于合同的变更，变更书面形式的合同还必须采取书面或者效力更高的形式，如公证。上海市某仪器厂理应与刘某以书面形式更改原来签订的书面合同，但上海市某仪器厂仅凭刘某的一个电话(口头形式)就更改交货地，这显然不符合合同变更的形式要件要求，并且变更交货地并未征得甲学校的同意，因此刘某擅自变更交货地的行为没有法律上的效力。
(2)甲学校有权拒付货款，因为甲学校没有收到游标卡尺，当然有权拒付货款。
理由：根据双务合同履行中的同时履行抗辩权原则，甲学校没有收到货物，当然有权拒付货款。所谓同时履行抗辩权，是指双务合同的当事人一方在他方末为对待给予以前，有权拒绝自己的履行，以此维持当事人双方在利益关系上的平衡。此案中，上海市某仪器厂根据刘某无效的指示，将货物发往乙学校，甲学校没有收到游标卡尺，它不仅有权拒付货款，还可以要求上海市某仪器厂承担不按时履行合同的违约责任。
(3)该案最终的处理，应由乙学校和刘某共同对上海市某仪器厂的损失承担赔偿责任。
理由：乙学校在不知情的情况下收到1000把游标卡尺，它本身没有任何过错，但其所得没有法律上的依据，属于不当得利，按理应返给上海市某仪器厂，但乙学校收到游标卡尺后，却擅自将游标卡尺变卖，其行为的性质就由不当得利转化为侵权，由此给上海市某仪器厂造成的损失应予以赔偿。
刘某擅自通知上海市某仪器厂更改交货地，其行为属故意侵权，对上海市某仪器厂的损失，刘某应承担赔偿责任。