A、鸟可以在空中飞行，能生活在大气圈，A正确．

B、蚯蚓生活在岩石圈的土壤中，不能生活在大气圈，B错误．

C、细菌的分布范围很广，能生活在生物圈的各个圈层，包括大气圈，C正确．

D、苍蝇能飞行，能生活在大气圈，D正确．

故选：B