某大型水利工程货物招标项目，其招标文件规定：
(1) “投标文件正本、副本分开包装，并在封套上标记‘正本’或‘副本’字样，否则不予接收”；(2) “投标保证金仅接受无条件保函或电汇。投标保函随投标文件递交给招标人；采用电汇的，应于投标文件递交截止时间前，将投标保证金由投标人的基本账户一次性汇人招标人指定账户，否则投标保证金无效。”
有A、B、C、D、E、F、G、H、I和J共10个投标人投标。投标文件接收情况如下：
投标人B的正本与副本封装在了一个文件箱内，招标人认为其不影响评标予以接收；投标人C的投标文件在招标文件规定的投标截止时间后1分钟送到，招标人不予接收；投标人G在投标截止时间前递交了投标文件，但其投标保证金——电汇款在投标截止时间后20分钟才汇入招标人指定账户，招标人接收了其投标文件及其保证金。最终，招标人接收了除投标人C以外的其他投标人的投标文件。
招标人在规定的开标时间宣布开标，由纪检人员对投标人资格进行审查。招标人宣读了评标办法，该办法对招标文件中的一些主要评标因素、标准进行了修改。投标人A认为招标人变动评标因素和标准对其不公平，当场提出异议，要求撤销其投标。招标人征得纪检人员同意，对A提交的投标文件不退还、不拆封、不唱标。
唱标时发现，投标人D以担保公司保函形式提交投标保证金，担保条件满足招标文件要求；投标人E提交的银行保函中声明：履行保函载明的担保义务时，应提供索赔报告并取得该项目监理人书面同意；投标人F以其分公司独立账户电汇提交投标保证金，并于投标截止期前一天到账。
投标人H的投标函没有盖投标人单位章，但有法定代表人签字，招标人宣布H的投标为无效标；投标人I的投标函上有两个投标报价，注明以第一个报价为准，但招标人认为投标人I报了两个报价，宣布其投标无效；投标人J在投标函上填写的报价，大写与小写不一致，招标人查对了其投标文件中报价汇总表，发现投标函上报价的小写数值与投标报价汇总表一致，于是按照其投标函上小写数值进行了唱标。
该项目有5个投标人通过初步评审，但技术部分评审结束后，合格投标人仅剩下了2个，招标人认为已无法保证竞争性，通知评标委员会不再继续评标，并决定否决所有投标。
[问题]
逐一指出招标投标过程中的不妥之处，并说明理由。
