参考答案：D

解析：微生物是引发牙周炎的始动因子，堆积在龈牙结合部的牙面和龈沟内的菌斑微生物及其产物引发牙龈的炎症和肿胀。主要为龈下菌斑和龈下牙石，故选D。不选E。