参考答案：E

解析：链球菌感染后急性肾小球肾炎与IgA肾病的根本不同是肾脏组织病变，前者病理类型是毛细血管内增生性肾小球肾炎，而IgA肾病主要为系膜增生性肾小球肾炎。其余各项均非根本性不同。