被告人王明，国有宏源股份有限公司经理。1998年市检察院收到一封检举信，揭露该公司偷税100万元的事实。检察院经调查后，认为该公司确有偷税事实，依法应追究刑事责任，遂经检察长批准对该公司立案侦查。1998年7月2日检察院批准逮捕王明，并派检察院侦查人员将其逮捕。7月8日犯罪嫌疑人王明聘请的律师向检察院提出取保候审的申请，检察院提出需缴纳5万元保证金，并提供保证人。7月9日律师向检察院缴纳了5万元的保证金，并且提供了保证人，王明被取保候审。后经侦查发现，该公司自1996年到1998年间，共偷税漏税50万元，检察院冻结该公司帐户，并将50万元作为税款上缴国库。该案于1999年8月1日向区人民法院提起公诉，经法庭审理，认为该公司的行为已构成偷税罪，判处被告人王明有期徒刑3年，缓刑3年，对该公司判处200万元的罚金。 检察院认为一审法院对被告人王明量刑过轻，直接向二审法院提交抗诉状，提起抗诉。抗诉期满后，对该公司判处的罚金一审法院即交付执行。二审法院经不开庭审理后，认为一审法院认定事实正确，但量刑过轻，裁定撤销原判，改处被告人王明有期徒刑7年。
现问：
该案中人民检察院有哪些程序不合法？
