A、由钠原子、钠离子的结构示意图可知，钠原子有三个电子层，钠离子有两个电子层，故选项说法正确．

B、由钠原子、钠离子的结构示意图可知，钠原子和钠离子的质子数都为11，故选项说法正确．

C、由钠原子、钠离子的结构示意图可知，一个钠原子在化学反应中可失去一个电子，从而变成带一个单位正电荷的钠离子，故选项说法正确．

D、钠原子和钠离子核内质子数均为11，属于同种元素，故选项说法错误．

故选D．