F有限公司，系1996年来华设立的独资企业。1997年10月11日至28日，该公司在执行合同期间，凭其向海关申领的“进口集中报关货物申报单”(以下简称“清单”)报关进口了保税货物塑料粒等一批。经海关下厂核查，该批货物不在厂内且去向不明，公司报关员张某也外出不归至今下落不明，海关遂立案进行调查。
据F公司解释，尽管清单都是公司向海关申领的，清单上所加盖的公司印章的真实性也是无可置疑的，但是该公司根本没有收到上述清单所记载的保税货物，并怀疑是报关员张某盗用公司单证。
经过调查，海关依据《中华人民共和国海关法行政处罚实施细则》第十一条(三)项和第三十一条的规定对F公司科处80万元人民币的罚款，并责令补缴上述短少货物应缴纳的税款。
问题：请就上述案情到底由谁来承担法律责任进行分析，基于哪些事实

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