中国甲公司诉某国乙公司侵犯其商业秘密案件，由于属于重大涉外案件，所以一审由某中级人民法院审理。根据此案情，回答以下问题：

第二次开庭前，乙公司发现院长方某的妻子是甲公司的法定代表人，经乙公司的申请，方某被决定回避，法院另安排孙某替代方某参加合议庭。那么此时该案已经过的诉讼程序效力如何？（）

A.已经过的诉讼程序全部无效，重新进行

B.由审判长决定是否重新进行

C.由当事人决定是否重新进行

D.已经经过的诉讼程序有效，诉讼程序继续进行