A、水垢的主要成分是碳酸钙和氢氧化镁，可以使用酸性物质除去，而氢氧化钠属于碱类物质，不与碳酸钙和氢氧化镁发生反应，故A错误；

B、二氧化碳本身无毒，但是含量过高，会导致人缺氧而逐渐死亡，当空气中二氧化碳的体积分数约达到10%，就会使人神志不清、呼吸停止，以致死亡，故B正确；

C、化肥的不合理使用会造成空气污染，比如铵态氮肥与碱性物质混合产生的氨气就能造成空气污染，故C错误；

D、痛痛病”是镉中毒，“水俣病”是汞中毒，故D错误，

故选B．