A、第3s初是一个瞬时，是第3s开始的时刻，不是时间间隔．故A错误．

B、由于时间是连续的，第5s末与第6s初是指同一时刻．故B正确．

C、4s内与第4s内不是同一时间间隔，4s是从开始到第4s末的时间间隔，时间是4s，而第4s内是第4个1s，时间是1s．故C错误．

D、第2s内是一段时间间隔，这段时间为1s．故D错误．

故选B