A、我们下午3点20分出发中的3点20分指的是时间点，所以为时刻，故A错误；

B、1997年7月1日零时我国开始对香港恢复行使主权中的1997年7月1日零时为时间点，所以为时刻，故B错误；

C、我校的百米跑记录是12秒8，中的12秒8是指一段时间，故C正确；

D、神州八号于2011年11月1日5：58发射升空中的2011年11月1日5：58为时间点，所以为时刻，故D错误．

故选C．