A、关闭门窗，是在传播过程中来减弱噪声，这个方法可取；

B、由交警部门在校区附近设立禁鸣标志，这是禁止喇叭发出声音，是在声源处减弱噪声，可取；

C、学校围墙边植树造林，是在传播过程中减弱噪声，可取；

D、在耳朵里塞一小棉花团，是在人耳处减弱噪声，但是同学们需要在教室中听老师授课，虽然能够达到减弱噪声的目的，但却是不符合实际的，故不可取．

故选D．