A、第5秒末，在时间轴上对应的是一个点，是时刻，故A正确；

B、前5s内是从0时刻到5秒末之间，在时间轴上对应一段距离，是时间，故B错误；

C、第5s内是1s钟的时间，在时间轴上对应一段距离，指的是时间，故C错误；

D、第第3s末到第5s末，在时间轴上对应一段距离，指的是时间，故D正确．

故选：A．