参考答案：D

解析： 在1至100中，能被9整除的自然数的和是：
9+18+27+…+99=9×(1+2+3+…+11)=9×66=594。
1至100各数之和是：
1+2+3+…+100=5050。
所以在1至100的各数中，所有不能被9整除的自然数的和是5050-594=4456。因此，本题正确答案为D。