答案：B

题目分析：A、月亮在云中穿行，月亮是运动的，相对于云在运动，故参考系不是月亮；错误

B、抬头望明月，觉得月亮在云中穿行，是月亮相对于云在运动，故参考系为云；正确；

C、若选地面为参考系，月亮也是运动的，但月亮的运动在短时间内是不易观察的，而题中已说明月亮在云中穿行即相对于云的运动；错误

D、若选观察者为参考系，月亮也是运动的，而题中情景已说明月亮在云中穿行即相对于云的运动；错误．

故选B

点评：参考系是指研究物体运动时所选定的假定为不动的物体；参考系的选取是任意的，如何选择参考系，必须从具体情况来考虑，一般情况下我们以地面或相对地面不动的物体作为参考系．