A、非金属元素的化合价一定是负价，说法错误，如氢元素的化合价一般为+1价，故A错误；

B、具有稳定结构的粒子不一定是稀有气体元素的原子，说法正确，如阴、阳离子，故B正确；

C、原子中质子数不一定等于电子数，说法错误，因为原子不显电性，原子中质子数一定等于电子数，故C错误；

D、原子变成离子一定是失去电子，说法错误，因为原子变成离子可能是得到或失去电子，故D错误．

故选B．