A、原子由原子核和核外电子构成，原子核核外电子是分层排布的，因此选项A不正确；

B、核外电子数完全相同的微粒，有可能是离子或原子，因此选项B不正确；

C、元素是具有相同核电荷数（即核内质子数）的一类原子的总称，不同种元素之间的本质区别是质子数不同，因此选项C正确；

D、在原子中，原子序数=质子数=核外电子数，因此选项D不正确；

故选C．