A、根据能量转化和守恒定律得知：系统机械能的减小等于系统内能的增加，而系统机械能的减小等于等于系统克服阻力做的总功．故A错误．

B、对子弹，只有阻力做负功，根据动能定理得：子弹动能的减少量等于子弹克服阻力做功量相等．故B正确．

C、子弹射入木块的过程中，子弹的动能减小，木块的动能增加，系统的内能也增加，系统损失的动能之和等于系统内能的增加，则由能量转化和守恒定律得知：子弹损失的机械能等于木块获得的动能与系统损失的动能之和．故C正确．

D、由于子弹与木块对地位移不等，子弹的位移大于木块的位移，而两者相互作用力大小相等，根据功的公式W=Fl可知，阻力对子弹做的功大于子弹对木块所做的功．故D错误．

故选BC