A、原子是化学变化中的最小微粒但原子利用其他方法可以再分，故错误；

B、氢原子无中子，所以原子核都由质子、中子构成的说法是错误的；

C、原子是由带正电的原子核和核外带负电的电子构成的，原子的质量主要集中在原子核上，是因为电子的质量很小，可忽略，但并不是全部电荷和全部质量都集中在原子核里；错误；

D、分子、原子、离子都能直接构成物质；

故选D．