A、甲烷的相对分子质量为16，氨气的相对分子质量为17，物质的量相同时，二者质量不同，故A错误；

B、因没有明确气体存在的条件，物质的量相等时，二者体积不一定相等，故B错误；

C、1个甲烷分子含有10个质子，1个氨气分子含有10个质子，相同物质的量的甲烷和氨气的质子数相等，故C正确；

D、1个甲烷含有5个原子，1个氨气含有4个原子，，相同物质的量的甲烷和氨气的含有的原子数不同，故D错误．

故选C．