A、原子是不可再分的最小粒子，必须指明“在化学变化中”，故A说法错误；

B、钠原子的质子数“大于”钠离子的质子数，说法错误，应“相等”，故B说法错误；

C、由同种元素组成的物质不一定是纯净物，如氧气和臭氧的混合物，说法正确，故C正确；

D、有盐和水生成的反应不一定是中和反应，如二氧化碳与氢氧化钠溶液的反应，金属氧化物与酸的反应等，故原说法错误，故D错误．

故选C．