A、原子能构成分子，即分子是由原子构成的；说法正确；

B、能保持氢气化学性质的最小粒子是氢分子；说法正确；

C、原子是由原子核和核外电子构成，原子核是由质子和中子构成，电子的质量相对于质子和中子可以忽略，故原子的质量主要集中在原子核上，说法正确；

D、原子中含有质子、中子和核外电子，氢原子核中只有一个质子，没有中子．故D不正确．

故选D