A、质子的质量约等于中子的质量大于电子的质量，故A错；

B、蒸馏得到的蒸馏水属于纯净物；过滤是除去不溶于液体的固体和液体分离的方法；沉淀是指除去比较大的颗粒，所以蒸馏是最纯的，过滤得到的液体不存在不溶物，比较纯，沉淀只能除去大的颗粒，比较小的颗粒不能除去，所以纯度最低，故B正确；

C、碳酸根离子中含有一个碳原子，三个氧原子，二氧化碳分子中含有一个碳原子和两个氧原子，所以碳酸根离子质量大于二氧化碳分子，故C错；

D、纯净物与混合物是并列关系，不存在谁大谁小的问题，纯净物包括单质和化合物，故D错．

故选B．