A、因质子在原子核内，电子在核外，当原子变为离子，变化的只是核外的电子数，质子数不变，则同种元素的原子和离子一定具有相同的质子数，故A正确；

B、原子变为离子时要得到或失去电子，与中子数无关，且同种元素中子数可以不同，故B错误；

C、因原子变为离子时要得到或失去电子，则同种元素的原子和离子的电子数不同，故C错误；

D、因金属失电子变为离子，金属元素的原子的电子层数大于离子的电子层数，而非金属元素的原子变为离子要得到电子，但电子层数不变，即同种元素的原子和离子的电子层数可能相同，也可能不同，故D错误；

故选A．