答案：C

题目分析：take out拿出，带出，by the time直到，came home是过去时，扔垃圾是发生在came之前的动作，过去完成时表示的是过去的过去。又有be+动词过去分词构成被动语态。had been+过去分词，含有被动语态的过去完成时。句意：Jim，刚才是你把垃圾扔了吗？不，我回来的时候垃圾已经被扔了。故选C。