A、氯化氢中氢原子和氧原子之间存在共价键，氯化铵中氯离子和铵根离子之间存在离子键，故A错误．

B、氧化钠中氧离子和钠离子之间存在离子键，氯化铝中氯原子和铝原子之间存在共价键，故B错误，

C、氢氧化钠中钠离子和氢氧根离子之间存在离子键，水分子中氧原子和氢原子之间存在共价键，故C错误．

D、氨分子中氢原子和氮原子之间存在共价键，二氧化碳分子中氧原子和碳原子之间存在共价键，故D正确．

故选D．