A．稀有气体的分子中不存在化学键，则单质分子不一定含有共价键，故A错误；

B．非极性键也可存在于离子化合物中，如过氧化钠中存在离子键和非极性键，故B错误；

C．由非金属元素原子组成的化合物可能为离子化合物，如铵盐，则由非金属元素原子组成的化合物不一定是共价化合物，故C正确；

D．不同元素组成的多原子分子里可能既有极性键也有非极性键，如过氧化氢，故D错误；

故选C．